Une séquence formelle ou informelle de tâches, points de décision, flux de données, outils et responsabilités affectées qui accomplissent ensemble une activité scientifique, de la planification à l'analyse, la validation et la diffusion.

Principe

Modéliser explicitement étapes, intrants et extrants clarifie les dépendances, permet la reproductibilité et favorise l'automatisation ou les transferts, tout en rendant visibles et auditable les exceptions.

Démonstration

Un flux de traitement des données documentant : ingestion des données, contrôles de qualité, scripts de nettoyage, code d'analyse versionné, points de revue, génération de figures, dépôt du code et des données dans un dépôt et soumission d'un préprint.

Mauvaise application

Surformaliser un flux de travail au point d'en faire une bureaucratie inflexible freinant la recherche exploratoire, ou ne pas documenter les écarts et étapes ad hoc qui rendent ensuite les résultats irréproductibles.

Conséquence

Un flux de travail bien défini améliore la reproductibilité, réduit les pertes lors de changements de personnel, clarifie les rôles et met en évidence goulots d'étranglement et opportunités d'automatisation.

Inversion

Une série d'étapes non documentée ou improvisée produit des hypothèses cachées, une perte de traçabilité des données et des difficultés à reproduire ou poursuivre les résultats.

Limite

Couvre la structure des processus et le flux d'information pour les activités scientifiques ; exclut la stratégie organisationnelle plus large et les habitudes personnelles informelles sauf si elles sont codifiées et partagées.

Tension sémantique

Souvent confondu avec « pipeline » ou « protocole », alors que « pipeline » suggère automatisation et linéarité et « protocole » des étapes strictes ; un flux de travail est la cartographie conceptuelle qui peut inclure les deux.

Synthèse

Un Flux De Travail Scientifique est la séquence cartographiée de tâches, décisions, artefacts de données et responsabilités qui opérationnalise une activité scientifique pour la rendre reproductible, auditable et extensible.